X射线吸收近边结构(XANES)拟合II——进阶流程
前言
在前一期的基础学习中(X射线吸收近边结构(XANES)拟合I——基本流程),我们对基于FDMNES软件进行的XANES拟合的基本流程进行了探讨,在本期学习中,我们将一些隐藏技能进行挖掘,助力大家更好的进行XANES拟合。
01 基本计算原则
计算谱的特征峰位、相对强度等主要是由输入的结构决定的,谱形和展宽则主要由卷积参数决定。在此,我们以FeO6八面体结构和FeO4平面正方形结构为例,使用相同的卷积参数,其卷积与非卷积的比较如下所示:
因此,在XANES计算中,应首先通过非卷积谱和实验谱对比,确认主要特征的相对响度和峰位的一致(若不一致则需优化结构),再进一步调节卷积参数进行特征展宽的优化。
02 卷积与非卷积谱线的分步运算
下左图展示了几个比较重要的卷积参数。通过非卷积谱确认输入结构合理后,改变卷积参数,使特征展宽趋向于和实验谱相似。但是FDMNES计算的时间主要消耗在非卷积计算过程,如下右图所示。
为了提高效率,可以先计算出进行非卷积谱和卷积谱的分步计算。单独卷积谱的计算文件可参考下图,使用关键词Calculation指定非卷积的谱文件(该文件为常规计算输出的文件之一,其中表头很重要,不得删除),Convolution 关键词指定所需的几个卷积参数,如Ecent,Elarg,Gamma_max,Gamma_hole等。此外,Efermi也可在这个文件中设置。该卷积的计算所耗时间为几秒钟,避免了每次重新计算非卷积谱。
03 基于实验谱的卷积参数优化
当手动调节卷积参数无法满足和实验谱匹配时,可以进行参数优化,实现卷积参数的自动调整。该操作需要输入实验谱,其中实验谱的能量范围和计算文件中的能量范围相匹配(否则报错!)。实验谱文件应为txt文件,第一列为能量,第二列为吸收系数,如下图所示:
计算文件如下:
Filout
Sim/Test_stand/Fe1-7
Range
-100 5 -20 0.3 5. 0.5 20. 1. 40. 2. 160
Energpho
Green
Edge
K
SCF
Delta_E_conv
2
R_self
6
Radius
6.5
Z_absorber
26
Quadrupole
Cif_file
Sim/Test_stand/Fe1-2.cif
Convolution
E_Cut
0.5
Experiment
Sim/Test_stand/Fe1_exp.txt
Gen_shift
-5 5 500
Parameter
Par_gamma_hole
0 2 3
Parameter
Par_gamma_max
0 30 31
Parameter
Par_ecent
0 30 31
Parameter
Par_elarg
0 30 31
End
其中使用Experiment关键词指定实验谱,Parameter进行参数优化,具体优化的参数前加Par_,如Par_ecent,0 30 31则表示使其在0到30之间取值,取值点数为31个。因此,上述的计算文件共需自动计算3*31*31*31个,耗时为几小时不等。
下图为计算完成后的输出文件(文件名为_fit.txt),最后显示的为最优的参数。